MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Lactobacillus plantarum 16 plasmid Lp16D

Total Repeats: 198

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021526	TGGC	2	8	64	71	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
2	NC_021526	AGG	2	6	544	549	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_021526	CATTT	2	10	1761	1770	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
4	NC_021526	T	6	6	2329	2334	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_021526	T	6	6	2353	2358	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_021526	TGT	2	6	2396	2401	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
7	NC_021526	TAA	2	6	3034	3039	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_021526	TTTTG	2	10	3095	3104	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_021526	T	6	6	3109	3114	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_021526	CGA	2	6	3118	3123	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_021526	TCG	2	6	3133	3138	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_021526	TAT	2	6	5060	5065	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_021526	AAG	2	6	5078	5083	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
14	NC_021526	TGTT	2	8	5104	5111	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
15	NC_021526	TC	3	6	5695	5700	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
16	NC_021526	GTT	2	6	5745	5750	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
17	NC_021526	GCG	2	6	5762	5767	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_021526	TCA	2	6	7798	7803	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_021526	GAG	2	6	7895	7900	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
20	NC_021526	TGC	2	6	7939	7944	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_021526	CAG	2	6	7977	7982	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_021526	AAGT	2	8	8044	8051	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
23	NC_021526	T	6	6	9083	9088	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_021526	T	6	6	9259	9264	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_021526	ATT	2	6	9375	9380	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_021526	CCTCA	2	10	9396	9405	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
27	NC_021526	CTT	2	6	9436	9441	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_021526	TAT	2	6	9450	9455	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_021526	GTT	2	6	9576	9581	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
30	NC_021526	T	7	7	9774	9780	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_021526	GTTT	2	8	12415	12422	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
32	NC_021526	T	6	6	12420	12425	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_021526	AGTTT	2	10	12457	12466	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
34	NC_021526	GAC	2	6	12743	12748	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_021526	GTT	2	6	12756	12761	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
36	NC_021526	AAT	2	6	12764	12769	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_021526	CAC	2	6	12770	12775	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
38	NC_021526	AAG	2	6	12778	12783	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
39	NC_021526	AGT	2	6	12923	12928	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
40	NC_021526	ATC	2	6	12946	12951	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_021526	TTAAT	2	10	12959	12968	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_021526	TGG	2	6	12973	12978	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
43	NC_021526	AAT	2	6	12988	12993	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_021526	AGG	2	6	13055	13060	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
45	NC_021526	TTAA	2	8	13417	13424	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_021526	TAAT	2	8	13431	13438	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_021526	TCT	2	6	13441	13446	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_021526	TTG	2	6	13459	13464	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
49	NC_021526	T	6	6	13487	13492	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_021526	T	6	6	13495	13500	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_021526	TAT	2	6	13519	13524	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_021526	ATT	2	6	13537	13542	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_021526	TGT	2	6	13587	13592	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
54	NC_021526	T	6	6	13691	13696	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_021526	TAGT	2	8	13727	13734	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
56	NC_021526	A	6	6	13751	13756	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_021526	TAT	2	6	13805	13810	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_021526	ACT	2	6	13828	13833	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_021526	TAAT	2	8	13834	13841	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_021526	A	6	6	13868	13873	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_021526	AGGT	2	8	13881	13888	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
62	NC_021526	AAT	2	6	13904	13909	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_021526	GA	3	6	13917	13922	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
64	NC_021526	ATA	2	6	14466	14471	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_021526	CAGC	2	8	14477	14484	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
66	NC_021526	ACG	2	6	14501	14506	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_021526	CAAC	2	8	14511	14518	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
68	NC_021526	GAT	2	6	16859	16864	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
69	NC_021526	AGTA	2	8	17319	17326	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
70	NC_021526	TAAA	2	8	17341	17348	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_021526	ATTGA	2	10	17393	17402	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
72	NC_021526	ATT	2	6	17422	17427	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_021526	AAT	2	6	17441	17446	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_021526	TAAT	2	8	17464	17471	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_021526	AT	3	6	17516	17521	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_021526	T	6	6	17531	17536	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_021526	AT	3	6	17548	17553	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_021526	TAGA	2	8	17569	17576	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
79	NC_021526	T	6	6	17611	17616	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_021526	TAAG	2	8	17664	17671	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
81	NC_021526	ATT	2	6	18299	18304	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_021526	TA	3	6	18380	18385	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_021526	TGGC	2	8	18438	18445	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
84	NC_021526	TCA	2	6	18470	18475	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_021526	ATT	2	6	18506	18511	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_021526	GTT	2	6	18526	18531	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
87	NC_021526	CAT	3	9	18547	18555	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_021526	TAGT	2	8	18622	18629	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
89	NC_021526	GAT	2	6	18643	18648	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
90	NC_021526	TAA	2	6	18659	18664	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_021526	GAAA	2	8	18726	18733	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
92	NC_021526	A	6	6	18731	18736	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_021526	TAT	2	6	18737	18742	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_021526	TTCCA	2	10	18799	18808	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
95	NC_021526	A	7	7	18834	18840	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_021526	CGA	2	6	18874	18879	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_021526	ACA	2	6	20211	20216	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_021526	CGC	2	6	20229	20234	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
99	NC_021526	TAA	2	6	20238	20243	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_021526	AAC	2	6	20244	20249	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_021526	A	6	6	20250	20255	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_021526	GAG	2	6	20268	20273	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
103	NC_021526	TTA	2	6	24708	24713	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_021526	GGC	2	6	24743	24748	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_021526	GTA	2	6	24765	24770	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
106	NC_021526	AGC	2	6	24848	24853	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_021526	TGG	2	6	24856	24861	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
108	NC_021526	TGC	2	6	24881	24886	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_021526	TGTT	2	8	24904	24911	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
110	NC_021526	AGT	2	6	24941	24946	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
111	NC_021526	TGA	2	6	25093	25098	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
112	NC_021526	CAA	2	6	25108	25113	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_021526	CAA	2	6	25135	25140	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
114	NC_021526	TGA	2	6	25246	25251	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
115	NC_021526	TA	3	6	25261	25266	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_021526	TGG	2	6	25283	25288	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
117	NC_021526	AGT	2	6	25310	25315	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
118	NC_021526	TCA	2	6	25316	25321	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_021526	TCA	2	6	25337	25342	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_021526	TCT	3	9	25346	25354	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_021526	GA	3	6	25485	25490	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
122	NC_021526	AGTT	2	8	25534	25541	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
123	NC_021526	AAT	2	6	25578	25583	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_021526	A	6	6	25596	25601	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_021526	CCT	2	6	26071	26076	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
126	NC_021526	TC	3	6	26082	26087	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
127	NC_021526	TAT	2	6	27461	27466	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_021526	A	6	6	27533	27538	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_021526	TAA	2	6	27554	27559	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_021526	A	6	6	27582	27587	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_021526	AAG	2	6	27630	27635	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
132	NC_021526	CTT	2	6	27728	27733	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_021526	TATAAA	2	12	27762	27773	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_021526	AAC	2	6	27803	27808	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
135	NC_021526	TGA	2	6	27846	27851	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
136	NC_021526	GGT	2	6	27879	27884	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
137	NC_021526	TAG	2	6	27912	27917	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
138	NC_021526	T	6	6	27967	27972	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_021526	TGGT	2	8	28007	28014	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
140	NC_021526	ACA	2	6	28064	28069	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
141	NC_021526	CTAG	2	8	28083	28090	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
142	NC_021526	CAG	2	6	28162	28167	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
143	NC_021526	AATA	3	12	28195	28206	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_021526	TTGA	2	8	28350	28357	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
145	NC_021526	TGACA	2	10	28405	28414	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
146	NC_021526	T	6	6	28483	28488	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_021526	TTA	2	6	28507	28512	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_021526	TAA	2	6	28513	28518	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_021526	TG	3	6	28521	28526	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
150	NC_021526	T	6	6	28566	28571	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_021526	GATTT	2	10	28644	28653	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
152	NC_021526	CTT	2	6	29537	29542	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
153	NC_021526	T	6	6	29567	29572	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
154	NC_021526	ATA	2	6	29601	29606	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
155	NC_021526	TG	3	6	29609	29614	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
156	NC_021526	AC	3	6	29648	29653	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
157	NC_021526	TG	3	6	29686	29691	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
158	NC_021526	TAA	2	6	29743	29748	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
159	NC_021526	GCAC	2	8	29785	29792	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
160	NC_021526	GT	3	6	29922	29927	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
161	NC_021526	TG	3	6	29934	29939	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
162	NC_021526	TA	3	6	30013	30018	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
163	NC_021526	TG	3	6	30025	30030	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
164	NC_021526	GTT	2	6	30088	30093	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
165	NC_021526	ACA	2	6	30152	30157	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
166	NC_021526	CTTG	2	8	30159	30166	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
167	NC_021526	ATA	2	6	30188	30193	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
168	NC_021526	ATA	2	6	30195	30200	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
169	NC_021526	TA	4	8	30202	30209	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
170	NC_021526	TAA	2	6	30280	30285	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
171	NC_021526	AAAG	2	8	30366	30373	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
172	NC_021526	TA	3	6	30376	30381	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
173	NC_021526	ACT	2	6	30384	30389	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
174	NC_021526	A	7	7	30413	30419	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
175	NC_021526	A	6	6	31004	31009	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
176	NC_021526	A	8	8	31048	31055	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
177	NC_021526	A	6	6	31153	31158	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
178	NC_021526	ACC	2	6	31471	31476	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
179	NC_021526	AAT	2	6	31717	31722	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
180	NC_021526	CAG	2	6	31818	31823	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
181	NC_021526	TGA	2	6	31865	31870	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
182	NC_021526	ACA	2	6	31918	31923	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
183	NC_021526	AAAG	2	8	31943	31950	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
184	NC_021526	CTC	2	6	35534	35539	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
185	NC_021526	CAG	2	6	35568	35573	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
186	NC_021526	TGAT	2	8	35607	35614	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
187	NC_021526	ATT	2	6	35634	35639	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
188	NC_021526	A	6	6	35649	35654	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
189	NC_021526	CTTCA	2	10	35676	35685	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
190	NC_021526	TTTA	2	8	35732	35739	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
191	NC_021526	AAATC	2	10	36584	36593	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
192	NC_021526	ACTT	2	8	36638	36645	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
193	NC_021526	GTT	2	6	36673	36678	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
194	NC_021526	TAAT	2	8	36748	36755	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
195	NC_021526	GTA	2	6	36797	36802	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
196	NC_021526	CCAA	2	8	36810	36817	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
197	NC_021526	GTC	2	6	37031	37036	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
198	NC_021526	GCA	2	6	37051	37056	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.